Фамилия Шныбко — один из тех случаев, когда корень слова неочевиден, а суффикс сразу указывает на географию. Окончание -ко характерно для украинской и белорусской ономастики, особенно для фамилий, образованных от прозвищ. Это не патроним (не «чей-то сын»), а скорее прозвищная фамилия, закрепившаяся в форме, типичной для восточнославянских земель.

Корень «шныб» — тёмный и редкий. Самая вероятная версия связывает его с диалектным глаголом «шныбать» или «шнырять», то есть быстро двигаться, сновать, проскальзывать. В южнорусских и украинских говорах «шныбнути» могло означать «юркнуть», «шмыгнуть». Прозвище Шныба или Шныбка могли дать человеку подвижному, верткому, непоседливому — тому, кто «шныбает» туда-сюда. В этом случае фамилия — характеристика поведения, а не рода занятий.

Менее убедительна версия о связи с польским «śnib» (снип, кусок) или немецким «Schnipp» (щепка, обрезок). Для такой гипотезы нет устойчивой диалектной базы на территории Украины и Беларуси, где фамилия встречается чаще всего. Если бы основа была заимствована, она, скорее всего, дала бы другие суффиксы (Шнипкевич, Шнипко).

С точки зрения социального контекста, фамилия Шныбко — типично крестьянская или казацкая. Такие прозвищные фамилии на -ко редко встречались у шляхты или духовенства. Носители фамилии, вероятно, были из простых сословий, а прозвище закрепилось за одним из предков по его личной черте — резвости или суетливости.

В написании фамилия устойчива: вариант Шнибко встречается, но реже и может быть результатом аканья или описки. Современные носители фамилии Шныбко живут в основном на Украине (Черниговская, Сумская области) и в приграничных регионах России (Брянская, Курская области), что подтверждает её западнорусское происхождение.