Фамилия Шнытко звучит нарочито по-украински, и это первое, что бросается в глаза. Типичный украинский суффикс -ко указывает на происхождение с территории современной Украины или юга России, где такие окончания фамилий особенно распространены. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые закрепились в основном у крестьян после отмены крепостного права, фамилии на -ко часто оформлялись раньше и бытовали в среде казачества и мещан.

Основа фамилии — прозвище Шныт. В украинском языке слово «шнити» означает «резать, кроить, стричь». Соответственно, Шныт — это человек, который занимался резкой, раскроем чего-либо. Скорее всего, речь идет о портняжном или сапожном деле: портной, который кроит ткань, или сапожник, режущий кожу. В польском языке есть слово «sznyt» (срез, разрез), что подтверждает западное влияние на лексику украинских говоров. Таким образом, Шнытко — это буквально «сын портного» или «маленький закройщик», то есть потомок человека, получившего прозвище по ремеслу.

Встречается и менее вероятная версия, связывающая фамилию с диалектным глаголом «шнырять» (рыскать, сновать). В этом случае прозвище Шныт могло получить непоседливый, юркий человек. Однако связка «шнырять — Шныт» не так прозрачна фонетически, как связка с «шнити — резать», поэтому ремесленная версия выглядит убедительнее. Географически фамилия чаще всего фиксируется в Черниговской, Полтавской и Харьковской областях, а также в смежных регионах России, куда переселялись малороссы.