Фамилия Шныткины — форма множественного числа, указывающая на семейную принадлежность. В русской традиции ответ на вопрос «чьи?» (Шныткины дети, Шныткиных двор) закрепился в качестве фамилии в южнорусских и сибирских говорах, где суффикс -ин чаще вытеснял -ов в фамилиях от прозвищ. Основа фамилии — слово «шныток» или «шныть».

Здесь возможны две версии, и обе имеют равное право на существование. Первая: «шныток» — диалектное название мелкой рыбы, вероятно, пескаря или бычка. В говорах Воронежской и Ростовской областей так называли рыбу, которая шныряет у дна. Прозвище Шныток могли дать вертлявому, юркому человеку, который «шныряет» туда-сюда, или же рыбаку, промышлявшему этой рыбой.

Вторая версия отталкивается от глагола «шныть» — ныть, болеть, скулить. В северных и уральских говорах «шныть» означало «томиться, хворать». Тогда Шныток — прозвище болезненного, постоянно жалующегося человека. Сравните с фамилией Шнырев (от «шнырять»), но Шныткин стоит особняком: суффикс -ок (Шныток) указывает на уменьшительно-пренебрежительное отношение к носителю прозвища.

Спор между версиями разрешается регионально. Если предки Шныткиных — выходцы с Дона или Кубани, вероятнее рыбацкое прозвище. Если из Архангельской или Вологодской губерний — корень «шныть» кажется правдоподобнее. Однозначных данных о сословной принадлежности нет: фамилия встречается и в крестьянской среде, и среди мещан. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» Шныткины не упоминаются, что подтверждает её локальный, нестоличный характер.