Фамилия Шоботенко отчетливо украинская по модели образования. Суффикс -енко, самый распространенный в Украине, указывает на происхождение от отца или главы семьи: «Шоботенко» буквально значило «маленький Шобот» или «сын Шобота». Такие фамилии в XVI–XVIII веках закрепились за казаками и крестьянами на Левобережье и Слобожанщине.

Основа фамилии — прозвище Шобот. В украинских говорах «шобот» или «шобота» — это башмак, туфель, иногда старая, стоптанная обувь. Слово заимствовано через польское «szczobot» из немецкого «Schuh» (башмак) с характерным славянским суффиксальным оформлением. Человек по прозвищу Шобот мог быть сапожником, торговцем обувью или просто носить необычную обувь, которая стала его приметой. Реже прозвище могли дать за манеру ходить, шаркать ногами — «шоботать» в некоторых диалектах значит «шаркать, стучать обувью».

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые фиксируют принадлежность («чей сын?»), суффикс -енко в украинской традиции подчеркивает родство по прямой линии. Сравните с однокоренными русскими фамилиями Шоботов, Шоботкин — они образованы по другой модели, но от той же основы. На территории современной России фамилия Шоботенко встречается в основном в областях, граничащих с Украиной, и в Краснодарском крае, куда переселялись казаки.

Спорных версий происхождения немного. Иногда корень связывают с тюркским «шобот» — «щетка» или «кисть», но это маловероятно: украинская фонетика и географическая привязка фамилии указывают на славянскую, а не степную основу. Прозвище Шобот — бытовое, простое, без социального подтекста: его мог получить и зажиточный сапожник, и бедный крестьянин, носивший латаные башмаки.