Фамилия Шаботенко образована по типичной для украинской ономастики модели: к основе прибавили суффикс -енко, который в XVI–XVII веках означал «сын» или «потомок» (малый Шабота). Со временем суффикс утратил буквальное значение и закрепился как фамильный. Это одна из самых распространённых фамильных моделей в Восточной Украине, тогда как на западе страны чаще встречаются фамилии на -ук, -юк.

Сложность в основе — слове «Шабота». У него как минимум две версии происхождения, и обе имеют право на существование.

Первая версия связывает фамилию с диалектным украинским или польским словом «szabota» — так в некоторых регионах называли деревянный башмак, колодку или грубую обувь. В таком случае прозвище Шабота мог получить сапожник, торговец обувью или человек, который ходил в тяжёлых башмаках и чем-то напоминал окружающим эту деталь. Прозвища по предметам одежды и обуви в славянской традиции встречаются постоянно: от Шубы до Лаптя.

Вторая версия — от имени Шабан, которое имеет тюркские корни (арабское «шаабан» — название восьмого месяца мусульманского календаря). В украинской и южнорусской среде имя Шабан иногда давали мальчикам, родившимся в этом месяце, или просто в качестве бытового прозвища. Фамилия Шабаненко встречается, и Шаботенко могла возникнуть как фонетический вариант: через смягчение «н» в «т» под влиянием говоров или через искажение при записи.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Черкасской и Полтавской областям. Это зона активного бытования фамилий на -енко, где в XVIII–XIX веках шло массовое закрепление прозвищ за крестьянскими родами. Сословно предки Шаботенко — скорее всего казаки или крестьяне: именно в этих слоях такие «ремесленные» прозвища были особенно распространены.

В написании фамилии возможна вариативность: в старых метрических книгах можно встретить варианты Шаботенко, Шаботенок, Шаботенків. Двойное «о» в корне устойчиво, что говорит о том, что основа не воспринималась носителями как производная от Шабат или Шобот.