Фамилия Шабот — редкий случай, когда основу почти наверняка можно назвать не славянской, а западнороманской. В русском ономастиконе она появилась, скорее всего, через посредничество польского или украинского языков. Исходное слово — французское chabot, которое перешло в польский как szabot и означает «подкаменщик», то есть небольшую донную рыбу из семейства бычковых. Прозвище Шабот могли дать рыболову, человеку, торговавшему рыбой, или — по характерной внешности или повадкам — тому, кого сравнивали с этой малоподвижной и скрытной рыбой.

Модель образования простейшая: фамилия Шабот — это застывшее прозвище без дополнительного русского суффикса. Такие «чистые» формы характерны для украинской и белорусской традиции, где фамилии нередко оканчиваются на согласный и не имеют типичных русских окончаний -ов/-ев. В России носители фамилии Шабот встречаются в основном на западе и юго-западе страны, что совпадает с зоной влияния польской и украинской ономастики.

Существует и менее вероятная версия, связывающая фамилию с идишским шабот (суббота). В еврейской традиции фамилии, производные от названий дней недели или религиозных понятий, действительно встречаются, но обычно они принимали более типичные для еврейских фамилий формы (например, Шабат или Шаббатай). Версия с рыбой выглядит убедительнее ещё и потому, что прозвища, данные по названиям животных и рыб, — один из самых распространённых источников фамилий у всех славянских народов, и Шабот в этом ряду стоит рядом с Щукой, Карасём, Окунем и Ершом.

В написании фамилии возможны варианты: через букву «щ» (Щабот) или с ударением на второй слог (Шабóт), что зависит от местной произносительной традиции. Документальных свидетельств о древности фамилии нет, но, судя по модели, она сформировалась не ранее XVI–XVII веков, когда прозвища начали закрепляться как наследственные.