Фамилия Шаботин — одна из тех, где ясна модель образования, но неочевидна основа. Она построена по продуктивной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Шаботин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Шабота. Более редкий суффикс -ов здесь был бы уместен, если бы основа оканчивалась на согласный, но финаль -а в прозвище даёт именно -ин.

Самый вероятный корень — диалектное слово «шабота». В южнорусских и украинских говорах так называли болтуна, пустомелю или человека, который говорит невпопад, «шаботит». Прозвище Шабота могли дать говорливому, суетливому или вздорному человеку. Менее популярная, но возможная версия — связь с «шаботом» (устаревшее название части молота, наковальни в кузнечном деле). В таком случае прозвище мог получить кузнец или мастеровой, работающий с тяжелым инструментом. Однако фонетически «шабота» как прозвище встречается чаще, чем профессиональное «шабот».

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины, где диалектная лексика с корнем «шабот-» (болтовня, суета) была в ходу. В центральных и северных областях России она редка. Сословно Шаботины, скорее всего, крестьяне или мещане: в дворянских родословных книгах эта фамилия не фиксируется.

Стоит отметить, что в некоторых документах XIX века встречается написание «Шаботен» — это результат акающего произношения, когда безударная «и» редуцировалась в «е». Но нормативным закрепился вариант с «и» — Шаботин. Родственные фамилии (Шаботов, Шаботкин) строятся от того же корня, но с разными суффиксами, что подтверждает: основа была живым прозвищем, а не застывшим именем.