Фамилия Шабатенко — классический пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. В XVII–XVIII веках этот суффикс в украинских землях выполнял роль отчества или указания на принадлежность младшего к старшему, буквально «маленький Шабат» или «сын Шабата». Со временем такие именования закрепились как наследственные фамилии.

Основа фамилии — личное имя или прозвище Шабат. Здесь возможны два основных пути происхождения. Первый и наиболее вероятный: Шабат — это форма крестильного имени Савватий (Савва), распространённая в южнорусских и украинских говорах. Имя Савватий через народное переосмысление могло дать варианты Шабатий, Шабат — с заменой начального «с» на «ш» под влиянием аканья или диалектного произношения. Второй вариант: прозвище Шабат могло возникнуть от слова «шабат» (суббота, день отдыха), что характерно для еврейского языка идиш, но в украинской среде такое прозвище могло закрепиться за человеком, чем-то связанным с субботними обычаями, либо за тем, кто родился или крестился в субботу. Однако украинский суффикс -енко указывает на славянскую, а не еврейскую среду бытования, поэтому версия с именем Савватий выглядит убедительнее.

Географически фамилия Шабатенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Черкасской, Полтавской, Киевской, а также к южным регионам России, куда переселялись украинские крестьяне. В реестрах казацкой старшины и мещан XVIII–XIX веков фамилия не фиксируется как дворянская, что указывает на её происхождение в среде крестьянства или казачества.

Редкость фамилии в том, что она избежала типичной русификации — перехода на -ов или -ев. В XIX веке многие украинские фамилии на -енко в официальных документах переделывали в Шабатенков, но вариант Шабатенко сохранился и в русском контексте. Таким образом, носитель фамилии может предполагать, что его предок был украинским крестьянином или казаком, а его имя в быту звучало как Шабат — сокращение от Савватий.