Фамилия Шобухина — женская форма фамилии Шобухин, и её происхождение стоит искать не в очевидных прозвищах, а в диалектных и редких словах. Основа «шобух» или «шобуха» в русских говорах имеет несколько значений, и разобраться в них — ключ к пониманию, кем был предок.

Вероятнее всего, в основе лежит прозвище Шобуха, которое давали человеку неповоротливому, грузному или неуклюжему. В диалектах (особенно северных и сибирских) «шобуха» означала «тюфяк», «мешок с сеном» или «что-то рыхлое, набитое». Сравните с глаголом «шобухать» — стучать, шлепать, производить глухой звук. Такое прозвище могло закрепиться за медлительным, тяжелым на подъём человеком или, напротив, за тем, кто работал с тюками, мешками — например, на мельнице или при перевозке грузов.

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с тюркским корнем «шобу» или «шоп» (сор, мусор, отходы). В этом случае прозвище могло относиться к человеку, который занимался уборкой, чисткой, или же иронично — к неряхе. Однако для фамилий с суффиксом -ин, типичных для центральной России, более естественно происхождение именно от русского диалектного слова.

Суффикс -ин в фамилии Шобухин указывает на принадлежность: «чей?» — шобухин, то есть «сын или потомок Шобухи». Такая модель образования фамилий характерна для прозвищ и имён, оканчивающихся на -а, -я. Окончание -а в женской форме (Шобухина) — стандартное грамматическое изменение.

География фамилии сегодня неширокая, но устойчивая: Шобухины встречаются в основном в центральных областях России (Московская, Тверская, Владимирская), а также в Поволжье. Это намекает на то, что прозвище бытовало именно в этих регионах, а не, скажем, на юге или Урале. В целом, фамилия Шобухина — редкий пример, когда прозвище, основанное на бытовом или физическом качестве, сохранилось без переосмысления, не перейдя в разряд «благозвучных».