Фамилия Шодотова — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять корень, нужно отбросить типичное для русских фамилий окончание -ов, женский суффикс -а и посмотреть на оставшуюся часть — Шодот. Скорее всего, это не славянская, а заимствованная основа.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с бурятскими или монгольскими корнями. В бурятском языке есть слово «шодо» (или «шодо-барилдаан») — это традиционная бурятская борьба, аналог монгольского «бөх». «Шодот» в таком контексте могло означать «силач», «борец» или «победитель в схватке». Суффикс -т в монгольских языках часто образует прилагательные со значением обладания: «шодот» — «обладающий силой», «имеющий отношение к борьбе». Фамилия могла закрепиться за человеком, который был известным борцом, либо за его потомками. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия Шодотов (и её женская форма Шодотова) встречается в Забайкалье и Бурятии, где подобные прозвища были распространены.

Менее вероятна, но возможна версия от тюркского корня. В некоторых тюркских языках «шод» или «шот» может означать «радость», «веселье» (ср. таджикское «шод» — радостный). Тогда «Шодот» — это «радостный», «весельчак». Однако для этой версии меньше географических подтверждений, так как фамилия не фиксируется массово в тюркоязычных регионах.

По модели образования фамилия — типичная патронимическая (от имени или прозвища отца) с помощью русского суффикса -ов. Это значит, что предок носителя фамилии, скорее всего, был бурятом или монголом, принявшим православие, или русским, получившим такое прозвище за службу в азиатских землях. Сословно носители фамилии могли быть из казаков, крестьян или бурятских родов, перешедших в оседлый образ жизни. Фамилия не относится к дворянским, её носители — люди из народа, чьё прозвище сохранило память о физической силе или местных традициях.