Фамилия Шодонова звучит непривычно для русского уха, и это прямой ключ к её происхождению. Она не вписывается в стандартные модели русских фамилий, образованных от православных имён или славянских прозвищ. Её основа — Шодон — явно нерусская, а суффикс -ов указывает на то, что фамилия обрусела и была оформлена по русскому образцу уже на территории России.

Скорее всего, Шодонова — это русифицированная форма фамилии, корни которой уходят в тюркские или монгольские языки. В бурятском и калмыцком языках есть слово «шодон» (или близкие ему «шодо», «шодор»), которое может означать «крепкий», «сильный», «выносливый» или относиться к названию местности. В этом случае фамилия образована от личного имени-прозвища Шодон, которое давали ребенку с пожеланием физической силы или как характеристику характера. Не исключено, что основа восходит к бурятскому родовому имени (уруг) — Шодон могло быть именем предка-основателя рода.

Географически фамилия Шодонова наиболее характерна для Бурятии, Иркутской области и Забайкальского края — регионов, где исторически жили буряты и другие монголоязычные народы. Женская форма (на -а) говорит о том, что перед нами вариант фамилии, закреплённый за женщиной, или же стандартная русская передача бурятской фамилии, где окончание меняется по родам.

В отличие от фамилий на -ский или -ин, Шодонова не имеет корней в русском дворянском или крестьянском быту. Её носители — потомки людей, которые в XIX–XX веках получили или взяли русскую фамилию по отцу, сохранив исконное родовое имя. Это делает фамилию ценной для генеалогии: поиск предков по ней стоит начинать не с общероссийских архивов, а с метрических книг буддийских дацанов или записей о причислении к казачьему сословию в Забайкалье.