Фамилия Шоджонов — одна из тех, что при взгляде на окончание сразу сбивает с толку. Суффикс -ов привычно указывает на русскую модель образования, но сама основа явно восточная. Это типичный случай, когда фамилия возникла на стыке культур: носитель тюркского или иранского прозвища получил русское патронимическое окончание, чаще всего при переписи населения или оформлении документов в XIX–XX веках.

В основе лежит имя или титул Шоджон. Первая часть — «шод» — восходит к персидскому или таджикскому слову со значением «радость», «счастье». Вторая часть — «жон» (или «джон») — в переводе с таджикского и узбекского означает «душа», «жизнь», а в именах выступает как ласкательный компонент, аналог «дорогой» или «любимый». Таким образом, Шоджон — составное имя с прозрачным смыслом: «радостная душа» или «счастливая жизнь». Встречаются и варианты написания через «дж» (Шоджонов, Шоджонов), что связано с особенностями передачи аффрикаты в разных языках.

Географически фамилия тяготеет к Средней Азии, прежде всего к Таджикистану и Узбекистану. В русскоязычной среде она редкая и почти всегда указывает на миграцию предков из этих регионов в XX веке. Сословной принадлежности по такой фамилии не определить: в крестьянской среде её могли дать по имени отца, а в среде духовенства или торговцев — по прозвищу. Но в любом случае фамилия Шоджонов — это не прозвище по профессии, а прямое указание на имя основателя рода, человека, которого окружающие называли Шоджоном.

В русских говорах и церковных книгах фамилия не встречается, что подтверждает её недавнее появление в общероссийском ономастиконе. Споров о происхождении немного: версия с тюркским «шод» (радость) и персидским «джан» (душа) — единственная убедительная. Слабая гипотеза о связи с арабским корнем не выдерживает критики, так как арабская лексика в этом регионе даёт другие формы.