Фамилия Шомотина — женская форма, а мужская, Шомотин, образована с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин. Этот суффикс указывает на родство или связь с человеком, которого называли исходным прозвищем. В данном случае основа — «Шомота». Вопрос в том, что это за прозвище.

Самая вероятная версия — связь с диалектным глаголом «шомотать». В русских говорах, особенно северных и уральских, «шомотать» означало «теребить, дергать, трепать», а также «делать что-то небрежно, наспех». Прозвище Шомота могли дать человеку суетливому, непоседливому или тому, кто постоянно что-то перебирал, тормошил. Встречается и значение «шептаться, сплетничать», что добавляет оттенок значения: возможно, прозвище получил говорун или тот, кто разносил слухи.

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от тюркского имени или слова. В некоторых тюркских языках есть корни, звучащие как «шомот» или «шомат», но для фамилии Шомотина это маловероятно: суффикс -ин указывает на исконно русскую (или русифицированную) модель, а тюркские основы чаще дают фамилии на -ов/-ев. Поэтому диалектная русская основа — основной и логичный вариант.

Фамилия редкая. Географически она тяготеет к регионам, где были распространены северные и вятские говоры: Кировская область, Пермский край, Удмуртия. Встречается и в центральной России, но в виде единичных семей. Носители фамилии Шомотин/Шомотина, скорее всего, потомки крестьян или ремесленников, получивших прозвище по характеру или манере поведения. Сословная принадлежность — в основном крестьянство, так как фамилии на -ин в массе своей закрепились именно в этой среде в XVII–XIX веках.

Однокоренные фамилии — Шомотов, Шомоткин, Шомотков. Все они образованы от той же основы, но с разными суффиксами, что указывает на вариативность прозвища в разных местностях. Фамилия Шомотина — не искажённая форма какой-то другой, а самостоятельное образование от живого диалектного слова, которое сейчас почти вышло из употребления.