Фамилия Шомоев образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью патронимического суффикса -ев, который присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий. В основе лежит прозвище или некалендарное имя Шомой. Вопрос в том, что оно означало.

Здесь возможны два основных пути. Первый и наиболее вероятный — тюркское происхождение. В языках народов Поволжья и Сибири (татарском, башкирском, чувашском) слово «шом» или «шома» имеет значения «проворный», «ловкий», «быстрый», а также «пугливый» (о животном). Прозвище Шомой могли дать человеку с таким характером или поведением. Второй вариант — связь с диалектным русским словом «шомный» — «шумный, крикливый, беспокойный». В этом случае прозвище Шомой мог получить бойкий, непоседливый человек. Обе версии сходятся в описании темперамента, что делает их равноправными, но тюркская подкрепляется массовостью фамилий с корнем «шом-» в зонах русско-тюркского пограничья.

Особенность этой фамилии — её редкая география. В отличие от массовых Шомовых (которые встречаются и в центральной России, и в Сибири), Шомоевы — фамилия узколокальная. Основной ареал — Забайкалье и Бурятия, а также Иркутская область. Это заставляет предположить, что предки носителей фамилии были связаны с казачеством или старожильческим населением Сибири, где в XVII–XIX веках активно смешивались русские, бурятские и тунгусские роды. Фамилия могла закрепиться за одним родом, который и дал ей распространение в регионе.

С точки зрения словообразования, Шомоев — редкий случай, когда суффикс -ев присоединён к основе, оканчивающейся на -ой. Обычно такие формы (сравните: Толстой — Толстов, Шестой — Шестов) со временем вытеснялись вариантами на -ов, но здесь сохранился архаичный вариант. Это дополнительный аргумент в пользу того, что фамилия старая и застыла в своей первоначальной форме ещё до унификации русских фамилий в XIX веке.

Таким образом, Шомоев — фамилия-характеристика. Предок, скорее всего, получил прозвище за живость нрава или быстроту, а его потомки закрепились в Сибири, где фамилия и сохранилась в своей первоначальной, нестандартной форме.