Фамилия Шомшина — женская форма, но в разговоре о происхождении обычно имеют в виду мужской вариант Шомшин. Основа здесь — прозвище или некалендарное имя Шомша. Что оно значило — вопрос неочевидный, и тут стоит разобрать несколько версий.

Первая и самая прямая: в южнорусских и украинских говорах «шомша» — это разговорное название шапки-ушанки или меховой опушки. Прозвище могли дать человеку, который носил характерный головной убор, шил шапки или торговал мехом. Такие «вещевые» прозвища в русской ономастике не редкость: например, Шапкин, Шубников, Тулупов.

Вторая версия отсылает к тюркским языкам, где «шомш» или «шомша» может означать «родник», «ключ» или «бьющая вода». В этом случае фамилия могла закрепиться за выходцем из местности с таким названием — ойконимом, или за человеком, жившим у родника. Тюркское влияние особенно вероятно, если предки Шомшиных происходили из регионов Поволжья или Приуралья, где русские фамилии нередко вбирали в себя местную лексику.

Морфологически фамилия проста: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Шомши». Это типичная модель для прозвищных фамилий центральной России. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном характере: скорее всего, она возникла в одном-двух уездах и распространилась оттуда.

С точки зрения социальной истории, Шомшины — почти наверняка крестьянская или мещанская фамилия. Дворянские роды с таким окончанием обычно фиксируются в родословных книгах, а Шомшиных там нет. Значит, предки — люди, получившие фамилию по прозвищу в быту, без претензий на герб. Спорных версий тут две, и обе имеют право на жизнь, но первая — «шапочная» — кажется более бытовой и естественной для русской деревни.