Фамилия Шонанов — один из тех случаев, когда корень фамилии не сразу бросается в глаза русскому уху. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Шонана). Но вот основа «Шонан» явно нерусская, и это главная загадка.

Скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения. В казахском, башкирском и татарском языках есть имя Шонан (варианты — Шона, Шон). Оно могло означать «ловкий», «проворный» или быть прозвищем, данным за быстроту и сноровку. Корень восходит к древнетюркскому «шон» — «быстрый», «резвый». Также в некоторых тюркских диалектах «шонан» — это «тот, кто шумит» или «задира», что могло закрепиться как прозвище.

Вторая, менее вероятная версия — происхождение от монгольского «шоно» (волк). В таком случае Шонан — адаптированная форма, а фамилия указывала на тотемного предка или человека с «волчьими» чертами характера: смелого, одинокого, хитрого. Эта гипотеза слабее, потому что в тюркских языках волк чаще передаётся как «бёрю» или «каскыр», а «шоно» — специфически монгольское слово.

Географически фамилия Шонанов встречается в основном среди народов Поволжья и Урала — у башкир и татар, реже у казахов. В русских переписных книгах XVIII–XIX веков такие фамилии могли записывать со слуха, поэтому возможны варианты написания: Шонанов, Шанан, Шанан. Носители фамилии — скорее всего, потомки крещёных татар или башкир, принявших православие, так как суффикс -ов был обязателен для русских документов, даже если исходное имя оставалось мусульманским.

С точки зрения словообразования фамилия проста: корень «шонан» плюс стандартный русский патронимический суффикс. Никаких редких суффиксов вроде -их или -ский здесь нет, что говорит о её народном, а не дворянском происхождении. Если предок был Шонан, то его дети автоматически становились Шонановыми — так фамилия закрепилась в метриках.