Фамилия Шонина образована от прозвища Шоня. Оно происходит от глагола «шонить», в пермских говорах означающего «мешкать, медлить, возиться». Соответственно, прозвище Шоня мог получить медлительный, нерасторопный, вялый, мешковатый человек. Таким образом, фамилия Шонина свидетельствует о характере предка. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шоня, со временем получил фамилию Шонина.