Фамилия Шонтаев — редкая и географически привязанная. Её основа, скорее всего, тюркская. Если посмотреть на распространение, корни фамилии ведут на Северный Кавказ и в Поволжье, где она встречается у чеченцев, ингушей и татар. Суффикс -ев указывает на русскую модель оформления фамилии (притяжательное значение «чей?»), которую получили многие нерусские фамилии в ходе ассимиляции в Российской империи.

Самая вероятная версия происхождения — от тюркского или кавказского имени Шонта (Шонт). В чеченском и ингушском языках «шонт» может означать «волк» или «щенок волка». Волк — почитаемый тотемный зверь у многих народов Кавказа, символ силы и свободы. Таким образом, прозвище Шонта могли дать человеку с соответствующими чертами характера: смелому, независимому, дерзкому. В тюркских языках (татарском, башкирском) есть слово «шонт» — «шутка, забава», но это менее правдоподобно для прозвища, которое закрепилось в фамилии.

Вторая версия, менее распространённая, — топонимическая. На Кавказе есть несколько мелких аулов и урочищ с похожими названиями. Предок Шонтаевых мог получить фамилию по месту жительства, то есть он был «шонтаевский» — выходец из селения Шонт (или Шонта). В чеченской ономастике такие случаи не редкость.

Интересно, что фамилия сохранила редкий для русских фамилий корень. В отличие от массовых Ивановых или Кузнецовых, Шонтаев — это яркий маркер этнической и региональной истории. Носители этой фамилии — потомки тех, кто жил в горных обществах или степных аулах, и их фамилия — это прямой перевод их родового прозвища на язык документов XIX века.