Фамилия Шопхоев — редкая и территориально привязанная. Её основа, суффикс и география указывают на происхождение из бурятской или монгольской языковой среды, а не из славянской. В русском языке фамилия оформлена по типичной модели патронимов: к основе добавили суффикс -ев, который в восточнославянской традиции закреплялся за фамилиями, образованными от основ на мягкий согласный или на -й. Здесь он, скорее всего, результат русификации бурятского родового имени.

Корень «Шопхой» — это вариант бурятского имени или прозвища Шобхой, Шобхон. В бурятском языке слово «шобхой» означает «сойка» или «птица» (иногда с оттенком «болтливый, крикливый»). Прозвища, образованные от названий птиц, у бурят и монголов были распространены: они давались либо по внешнему сходству (яркое оперение, манера двигаться), либо по черте характера (громкий голос, любовь к разговорам). Вероятнее всего, первый носитель прозвища Шопхой был заметным, голосистым или подвижным человеком.

Суффикс -ев в этой фамилии — чисто русский, канцелярский. Когда бурятские роды в XIX — начале XX века массово получали фамилии для учёта (переписи, метрики), их родовые и личные имена записывали по русским правилам: к основе добавляли -ов или -ев. Фамилия Шопхоев могла принадлежать члену конкретного бурятского рода (улуса) из Иркутской губернии или Забайкалья, где такие имена фиксировались особенно часто.

В отличие от многих фамилий, где суффикс указывает на отчество (чей сын?), здесь он — маркер административного оформления. Внутри бурятской среды человека называли просто Шопхой или по родовому имени, а в документах он стал Шопхоевым. Поэтому носители этой фамилии — почти наверняка потомки бурят, живших в лесных и степных районах Восточной Сибири, где охота и скотоводство были основными занятиями, а прозвища по птицам — естественной частью быта.

Других версий (славянских, тюркских) у этой фамилии нет: корень не складывается ни с каким русским словом или диалектизмом. Фамилия Шопхоев — пример того, как русская словообразовательная форма сохранила бурятское родовое прозвище, которое иначе могло бы не дойти до наших дней.