Фамилия Шороха — редкий пример, где имя собственное застыло в начальной, словарной форме. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ин или -ский, Шороха склоняется как существительное женского рода (Шороха, Шорохи, Шорохе) и не имеет патронимического суффикса. Такая модель в восточнославянской традиции встречается в основном у украинских и белорусских фамилий (Скоробога, Вернигора, Непийвода), а также у прозвищных фамилий на -а, которые в России чаще «обрусели» до Шорохов или Шорохин. Сохранение формы Шороха указывает либо на позднюю фиксацию фамилии в документах, либо на юго-западное происхождение рода.

Основа фамилии — прозвище Шорох. В русских говорах «шорох» — не только тихий звук, но и переносное обозначение суетливого, беспокойного человека, того, кто «шуршит», везде лезет. В. И. Даль фиксирует слово «шорох» как «шум, шелест, скрытое движение». Прозвище могли дать непоседе, скрытному человеку или тому, кто говорил шепотом. Вторая версия — звукоподражательная: в северных и сибирских говорах «шорох» означало «сор», «мусор», «шелуха». В этом случае прозвище мог получить крестьянин, занимавшийся молотьбой или очисткой зерна.

Словообразовательный анализ показывает редкий для русской ономастики случай: фамилия образована бессуффиксным способом, прямым переходом прозвища в фамилию. Обычно так оформляли фамилии в среде казачества или однодворцев, где патронимические суффиксы долго не приживались. По данным переписей, фамилия Шороха встречается в основном в Курской, Белгородской и Воронежской областях — зоне исторического расселения южнорусского населения. Встречается также на Украине, в Черниговской и Сумской областях, что подтверждает её восточнославянский, а не великорусский характер.

Спорных версий происхождения немного. Иногда Шороха ошибочно связывают с тюркским «шоро» (высохший, сухой) — это маловероятно, так как фамилия не имеет тюркских формантов и бытует в регионах без сильного тюркского субстрата. Также не стоит путать её с фамилией Шорохин, где суффикс -ин указывает на принадлежность к матери («чей сын?» — Шорохин). Шороха — прямое прозвище, и её носитель, скорее всего, потомок человека, которого в деревне за характер или занятие прозвали Шорохом.