Фамилия Шойбонова — женская форма, мужской вариант — Шойбонов. В русском бытовании фамилия закрепилась через суффикс -ов, что типично для обрусевших иноязычных фамилий. Основа фамилии — бурятское или монгольское слово «шойбон» (в русской транскрипции), которое восходит к «шойбоо» — «обезьяна». В монгольских и бурятских языках это слово имеет тюркские корни (ср. с казахским «маймыл» или киргизским «маймыл», но через посредство тибетского буддизма, где обезьяна — один из символов). Таким образом, фамилия Шойбонов могла возникнуть как прозвище по внешнему сходству (с детёнышем обезьяны, с её ужимками) или по году рождения в двенадцатилетнем животном цикле — в год Обезьяны. В традиции бурятского шаманизма и буддизма год Обезьяны (по восточному календарю) нередко давал прозвища, которые затем становились фамилиями.

Географически фамилия Шойбонова/Шойбонов наиболее характерна для Бурятии, Забайкалья и Иркутской области, особенно для районов с компактным проживанием бурят (Агинский Бурятский округ, Усть-Ордынский округ). Встречается и у калмыков, но реже.

Словообразовательная модель проста: к основе «шойбон» добавлен русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность (чей? — Шойбонов). Это говорит о том, что фамилия оформилась уже в русской административной среде (после XVII века), когда бурятские родовые имена и прозвища записывались в метрики и ревизские сказки с русскими окончаниями.

Есть и менее вероятная версия: связь с тюркским «шойбон» в значении «пастух» или «смотритель», но она не подтверждается словарями монгольских языков. Более правдоподобно, что фамилия — калька с бурятского Шойбо (личное имя, прозвище), где -н- могло появиться как эпентеза (вставной звук) при склонении.

Известные носители фамилии встречаются в спорте и науке Бурятии, но в открытых источниках нет громких исторических персонажей — фамилия остаётся локальной, сохраняя связь с традиционным укладом и буддийским календарём.