Фамилия Шойдан — редкая и неочевидная для русского уха. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, поэтому её происхождение стоит искать не в стандартной модели русских фамилий, а в географической или этнической основе.

Скорее всего, фамилия Шойдан имеет молдавские или румынские корни. В румынском языке слово «șoim» (произносится «шойм») означает «сокол». Суффикс «-dan» в румынской антропонимии нередко образует фамилии от названий птиц или животных (сравните с фамилией Шойман, где «-man» — «человек»). Таким образом, Шойдан могло означать «соколиный», «соколятник» или прозвище человека, похожего на сокола — быстрого, зоркого или гордого. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия встречается в Молдове, на юго-западе Украины (Одесская, Черновицкая области) и среди молдавских диаспор.

Менее вероятная, но возможная версия — тюркское происхождение. В некоторых тюркских языках основа «шой» может означать «род», «племя», а «дан» — «слава» или «дар». В этом случае Шойдан можно истолковать как «слава рода». Однако эта гипотеза слабее подкреплена географией: носители фамилии не сконцентрированы в регионах с тюркским населением, а тяготеют к Карпато-Дунайскому региону.

Что касается модели образования, то фамилия не прошла через русскую суффиксацию. Она осталась в исходной форме, без типичного русского окончания. Это говорит о том, что предки носителей фамилии, вероятно, не были крепостными крестьянами центральной России, а происходили из среды молдавских или румынских крестьян, ремесленников или мелких служилых людей, которые переселялись на земли Российской империи в XVIII–XIX веках.

Сословную принадлежность предков определить сложно. Молдавские крестьяне часто получали прозвища, которые потом закреплялись как фамилии. Если Шойдан — прозвище от «сокола», то оно могло принадлежать человеку с соответствующими чертами характера или внешности, а не обязательно сокольничему.

В современной России фамилия Шойдан встречается редко, но не единично — её можно найти в Краснодарском крае, Ростовской области и Москве, куда она попала с миграционными потоками из Молдовы и Украины.