Фамилия Шойгу стоит особняком в русском ономастиконе. Она не вписывается ни в одну из привычных словообразовательных моделей русского языка (на -ов, -ин, -ский) и не имеет славянских корней. Это редкий случай, когда фамилия целиком пришла из другого языка и сохранила оригинальное звучание без адаптации.

Исходное слово — тувинское «шойгу» или «шойгуу», что означает «сорока» — птица из семейства врановых. В тюркских языках, к которым относится тувинский, прозвища по названиям птиц и животных давали нередко. Сорока в народной культуре ассоциируется с болтливостью, суетливостью, заметностью («стрекочет, как сорока»), но также и с осторожностью, смекалкой. Вполне вероятно, что прозвище Шойгу получил человек с соответствующими чертами характера или внешности.

Фамилия не имеет суффикса — ни русского, ни тюркского. В русском языке фамилии из тюркских языков обычно получали окончания -ов/-ев, -ин или -ский (например, Аксаков, Карамзин, Тургенев). Здесь же фамилия застыла в форме чистого корня. Это говорит о позднем её закреплении в русской среде: «Шойгу» не образовывали по русскому шаблону, а перенесли как есть, что характерно для фамилий советского времени, когда паспортизация фиксировала национальную форму.

Географически фамилия прочно привязана к Туве. В России это практически единственный регион, где Шойгу — не единичный случай, а рядовая тувинская фамилия. За пределами республики она стала широко известна благодаря одному человеку — Сергею Кужугетовичу Шойгу, министру обороны. Именно его отчество — Кужугетович — тоже несёт информацию: «Кужугет» — тувинское мужское имя, в основе которого лежит слово «кужугет» — «силач», «богатырь».

Таким образом, фамилия Шойгу — не загадка, а прозрачный топоним и антропоним в одном флаконе: тувинское прозвище «Сорока», ставшее фамилией без изменений, и в русском языке она звучит как экзотизм, хотя на родине — самая обычная.