Фамилия Шойнжонов образована от имени Шойнжон, которое, вероятнее всего, является бурятским вариантом тибетского имени Чойджон, означающего «защитник религии». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Шойнжон со временем получил фамилию Шойнжонов.