Фамилия Шойнжонов образована от имени собственного и относится к распространенному типу бурятских фамилий. Фамилия Шойнжонов образована от имени Шойнжон, которое, вероятнее всего, является бурятским вариантом тибетского имени Чойджон, означающего «защитник религии». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Шойнжон со временем получил фамилию Шойнжонов. О точном месте и времени возникновения фамилии Шойнжонов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Шойнжонов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.