Фамилия Шойтова — женская форма от Шойтов, и её разумнее начинать с мужского варианта, но сразу оговорить, что в современном употреблении обе формы неразрывны. Основа фамилии — прозвище или имя Шойто. Это краткая форма от какого-либо полного имени, скорее всего, крестильного. В русской ономастике суффикс -то, -та (Шойто, Шойта) характерен для северных и сибирских говоров, особенно в старом новгородском влиянии. Такая модель образования уменьшительных имён (Михайло → Мишто, Иван → Ваньто) встречалась в Поморье и на Вятке.

Корень «шой-» может восходить к нескольким источникам. Самая вероятная версия — от имени Шой (Шоя), которое в старину было народной формой канонического имени Исайя (Исай). В северных диалектах «Исай» превращалось в «Сой», «Шой» с характерным цоканьем или шепелявеньем. Тогда Шойто — это «Шой» с ласкательным суффиксальным оформлением, почти как «Шойка», «Шойко». Менее популярная, но не исключённая гипотеза — связь с коми-пермяцким или удмуртским словом «шой» (тело, плоть, иногда — труп). В таком случае прозвище могло относиться к внешности или к роду занятий (например, могильщик), но для русской фамилии такой корень редок и, скорее всего, вторичен.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Шойтов, то есть сын Шойта. Фамилия недвусмысленно крестьянская или мещанская, без дворянских приставок. Сословного барьера у неё нет, но географически она тяготеет к северу европейской России и к Уралу. Встречается в Архангельской, Вологодской областях, а также в Пермском крае — как раз в зоне, где пересекались русские северные говоры и финно-угорские языки.

В написании фамилии нет вариативности: Шойтова пишется через «о» в корне, ударение, скорее всего, на первый слог — Шо́йтова, хотя в некоторых говорах могли произносить и Шойто́ва. Фамилия нечастотная, но устойчивая: её носители встречаются и в современных базах данных, что говорит о сохранении родовой линии без массовой утраты фамилии в советское время.