Фамилия Шойтовы — редкий случай в русской ономастике, где прозвище перешло в фамилию почти без изменений. В её основе лежит слово «шойт» — так в некоторых южнорусских и украинских говорах называли шута, скомороха или балагура. Слово это, в свою очередь, восходит к тюркскому «шют» (шут, насмешник) или к древнерусскому «шють» (пустой, вздорный человек). Суффикс -ов- указывает на типичную русскую модель образования: Шойтов — сын или потомок Шойта.

В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образовывали от имён на -а/-я, Шойтовы закрепились по мужскому роду прозвища. Это значит, что родоначальник, скорее всего, был взрослым мужчиной, известным в округе как острослов, весельчак или, наоборот, как человек, которого прозвали «шойтом» за несерьёзность. Прямых указаний на сословную принадлежность нет: прозвищные фамилии встречались и у крестьян, и у посадских людей, и у служилых. Но сам корень — не от имени, не от ремесла и не от места — выдает народное, бытовое происхождение.

Географически фамилия тяготеет к югу и юго-востоку России. В документах XVIII–XIX веков Шойтовы встречаются в Воронежской, Курской и Тамбовской губерниях — регионах, где были сильны тюркские заимствования в речи. В центральных и северных областях России фамилия почти не фиксируется. Это подтверждает версию о диалектной основе: «шойт» — слово локальное, не общерусское.

Интересно, что фамилия сохранила редкое сочетание звуков: «шой» вместо более привычного «шут» или «шутов». Если бы прозвище звучало как «Шут», фамилия была бы Шутовы — одна из самых распространённых в России. Шойтовы же остались на периферии, и именно это делает их фамилию ценной для историков языка: она сохранила застывший диалектизм, который в живой речи уже почти не встречается.