Фамилия Шпагонов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, очевидно, а его происхождение неоднозначно. Основа — «шпага», холодное колющее оружие. Казалось бы, всё просто: предок мог быть мастером-оружейником, военным, который отличился в бою на шпагах, или даже щёголем, не расстававшимся с этим атрибутом дворянского костюма. Но в русской ономастике слова «шпага» и «шпажный» почти не дали фамилий — это нетипично для крестьянской и мещанской среды, где чаще встречались Саблины или Копейкины.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий, образованных от прозвища отца. Форма «Шпагон» (а не «Шпага») — ключевая деталь. Она могла возникнуть в говорах, где слово «шпага» получило уменьшительно-пренебрежительный оттенок («шпагон» — как «сапожишко» или «ружьишко»). Либо это искажённое на письме «шпажон» — от «шпажонок» (подмастерье шпажного мастера, ученик). Вторая версия правдоподобнее: в ремесленной среде прозвища с суффиксом -онок (-он) были распространены для обозначения младших по статусу.

С географией сложно: фамилия Шпагонов встречается точечно, преимущественно в центральных областях России и на юге (Воронежская, Ростовская области). Это косвенно подтверждает версию о военной или ремесленной среде — именно в этих регионах в XVII–XIX веках располагались гарнизоны и оружейные мастерские. Сословно предки скорее всего были не дворянами (те чаще носили бы фамилию Шпагин по той же модели, что и Ружьин), а однодворцами, казаками или городскими ремесленниками.

В словарях фамилия не фиксируется — ни у Унбегауна, ни у Никонова. Это говорит о её позднем оформлении (вероятно, не ранее середины XIX века) и локальном бытовании. Спорных версий немного: попытка связать с польским «szpagon» (наёмник с рапирой) или с немецким диалектным «Spagen» (воробей) выглядит натяжкой. Русское «шпага» с говоровым окончанием — наиболее прямой и надёжный путь.