Фамилия Шпагонова — женская форма фамилии Шпагонов, и её разбор стоит начать с основы, которая сразу задаёт направление поиска. В корне лежит слово «шпага» — холодное колющее оружие, известное в России с XVII века. Но было бы слишком прямолинейно думать, что предок постоянно ходил со шпагой. Скорее, прозвище Шпага или Шпагон мог получить человек, который их делал, то есть оружейник, или тот, кто носил шпагу по долгу службы — дворянин, офицер, военный. В народной среде такое прозвище могло закрепиться и за щёголем, любителем щеголять с оружием не по чину, или за человеком с острым, колким языком — метафора «шпага» в значении «острый на язык» встречается в говорах.

Суффикс -ов- в фамилии Шпагонов (а значит, и в Шпагонова) указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — «Шпагонов сын». То есть основатель рода, носивший прозвище Шпага или Шпагон, жил, скорее всего, в центральных или южных регионах России, где такая модель фамилий преобладала. Форма Шпагон, с суффиксом -он, могла быть уменьшительной или диалектной версией прозвища Шпага — так в разговорной речи могли называть молодого подмастерья или сына оружейника.

Интересно, что фамилия Шпагонова не слишком распространена, но встречается в документах по Воронежской, Ростовской областям и Краснодарскому краю. Это косвенно подтверждает связь с казачьими или военно-служилыми слоями населения — в этих регионах долгое время была высока концентрация людей, носивших оружие и имевших соответствующие прозвища. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) прямого упоминания Шпагонова нет, но модель образования типична для «оружейных» фамилий вроде Пистолетов, Сабельников, Кинжалов.

Если говорить о сословной принадлежности, то фамилия Шпагонов (и Шпагонова) не обязательно указывает на дворянство. В России XIX века шпагу мог носить любой офицер, а также гражданские чиновники определённых рангов, так что предок мог быть как из служилых людей, так и из ремесленников-оружейников. Единственное, что объединяет возможные версии, — связь с военным делом или ремеслом, требующим точности и остроты, что и отразилось в фамильной основе.