Фамилия Шпакунова — женская форма фамилии Шпакунов, а та, в свою очередь, образована от прозвища Шпакун. В основе лежит слово «шпак» — так в южных и западных русских говорах, а также в украинском и белорусском языках называют скворца. Суффикс -ун в прозвище Шпакун указывает на носителя характерного признака: так могли прозвать человека, который либо держал скворцов, либо, по аналогии с птицей, был говорливым, певучим, любил подражать чужим голосам или носил пеструю одежду.

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с польским словом szpak — «скворец», что объяснимо географией фамилии. Шпакуновы встречаются в регионах, исторически связанных с Речью Посполитой: в Смоленской, Брянской, Псковской областях, а также в Беларуси. Это не случайно — в этих краях «шпак» было обычным прозвищем, которое затем легло в основу фамилии.

Фамилия образована по типичной русской патронимической модели: основа Шпакун + притяжательный суффикс -ов. То есть буквально «чей-то сын?» — Шпакунов, потомок Шпакуна. Форма Шпакунова — это женский вариант, который закрепился за женщинами в качестве наследственной фамилии, а не как указание на мужа.

Интересная деталь: фамилия Шпакунов не так частотна, как однокоренные Шпак, Шпаков, Шпаченко. Редкий суффикс -ун выделяет её среди прочих — он придаёт прозвищу оттенок деятеля или носителя качества (сравните: говорун, крикун). Так что Шпакун — это не просто «скворец», а человек, которого за что-то прозвали этим словом, и прозвище закрепилось за родом.

Сословная принадлежность носителей фамилии была разной: в переписных книгах XVII–XVIII веков Шпакуновы встречаются и среди крестьян, и среди посадских людей. Никаких дворянских гербов или громких исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано — это фамилия простого люда, которая живёт и сегодня.