Фамилия Шпакунов — яркий пример того, как русская фамилия может быть образована от профессионального прозвища, связанного с ремеслом. В основе лежит слово «шпакун» — так в некоторых говорах называли мастера, который занимался шпаклёвкой, то есть заделывал щели и выравнивал поверхности перед покраской или побелкой. Такое прозвище могли дать плотнику, маляру или строителю. Слово образовано от глагола «шпаклевать» через существительное «шпаклёвка», а суффикс -ун указывал на деятеля (ср. «бегун», «говорун»). В ономастике эта модель считается типичной для прозвищ по занятию.

Суффикс -ов в фамилии — стандартный патронимический формант, означающий «сын Шпакуна» или «принадлежащий Шпакуну». Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, был потомком человека, известного своим ремеслом. Исходное прозвище «Шпакун» могло закрепиться за конкретным человеком в общине, а затем перейти к его детям как фамилия.

Версия о связи с украинским или белорусским словом «шпак» (скворец) менее убедительна: от «шпак» образовалась бы фамилия Шпаков или Шпаченко, а суффикс -ун для птичьих прозвищ нехарактерен. Также маловероятно происхождение от немецкого «шпак» (сало) — это привело бы к иной фонетике и географии.

Фамилия Шпакунов фиксируется преимущественно в центральных и южных регионах России, где развивались строительные и отделочные промыслы. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании прозвища. В дореволюционных переписях носители фамилии могли числиться среди крестьян или мещан, занимавшихся ремёслами.