Фамилия Шпакина — женская форма фамилии Шпакин, а та, в свою очередь, образована от прозвища Шпак. В основе лежит украинское, белорусское и южнорусское слово «шпак» — скворец. Такое прозвище на Руси давали либо человеку с заметным сходством с этой птицей (например, с пёстрыми или тёмными волосами, подвижному, говорливому), либо тому, кто ловил и держал скворцов.

Слово «шпак» пришло в славянские языки из польского или, возможно, из древневерхненемецкого (spâh — «скворец»). В русском литературном языке оно почти не употреблялось, но прочно закрепилось в говорах юга России, особенно в Курской, Воронежской, Ростовской областях. Именно там фамилия Шпакин и её женская форма Шпакина встречаются чаще всего. Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Шпака» или «жена Шпака».

Интересно, что в некоторых регионах «шпаком» называли не только птицу, но и человека, который ходит в пёстрой или неопрятной одежде, отсюда могла возникнуть ироническая или уничижительная окраска прозвища. Однако прямой связи с дворянством или крестьянским сословием у фамилии нет — она бытовала во всех слоях, но особенно распространена среди сельских жителей чернозёмной полосы.

В письменных источниках фамилия Шпакин фиксируется с XVII века, например, в документах Переяславского полка встречается казак Иван Шпак. Женская форма Шпакина — закономерное производное, появившееся позже, когда фамилии стали передаваться по наследству и жёнам давали фамилию мужа.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Шпакина отличается от Шпакова (тоже от «шпак», но с суффиксом -ов) или от Скворцова (русский аналог) региональной привязкой к западно- и южнославянскому корню. Встречается и вариант Шпаченко — украинская форма с патронимическим суффиксом.