Фамилия Шпеченко украинского происхождения. Её основа — прозвище Шпека или Шпек. В украинском языке слово «шпек» означает шпик, сало, а также, в переносном смысле, толстого, упитанного человека. Таким образом, первый носитель фамилии мог получить прозвище либо по роду занятий (например, торговец салом, мясник), либо по внешности — за полноту и дородность.

Фамилию образовали с помощью типичного украинского патронимического суффикса -енко. В XVI–XVII веках этот суффикс в украинских землях означал «сын» или «потомок»: Шпеченко — буквально «сын Шпеки». Со временем фамилия закрепилась и перестала указывать на прямое родство, став наследственной.

Интересная деталь: в отличие от более распространённых фамилий с суффиксом -енко (Шевченко, Коваленко), Шпеченко встречается значительно реже. Это может говорить о том, что прозвище Шпека не было столь же массовым, как, например, Швец (сапожник) или Коваль (кузнец). Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Слобожанщине, откуда в XIX веке вместе с переселенцами могла попасть на Кубань и в южные губернии России.

Версия о происхождении от польского szpecić (портить, уродовать) маловероятна: в украинской ономастике слово «шпек» и его производные имеют устойчивую «пищевую» и описательную традицию, а суффикс -енко — однозначно украинский, а не польский маркер. Так что предки современных Шпеченко, скорее всего, были людьми приметной внешности или имели дело с мясной торговлей.