Фамилия Шпера — редкий пример, где форма слова почти не даёт подсказок о происхождении. В ней нет типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, а окончание -а наводит на мысль, что перед нами не адаптированная фамилия, а застывшая основа, которую принесли в русский язык извне.

Скорее всего, Шпера — это вариант немецкой или еврейской фамилии, записанной на слух. В немецком языке есть слово «Sperre» — засов, преграда, запор. Фамилия могла возникнуть как прозвище человека, работавшего с запорами (кузнеца, слесаря), или как метафора для упрямого, «непробиваемого» человека. Другая возможная основа — «Sperber» (ястреб-перепелятник): в таком случае Шпера — это сокращённая форма от Шпербер, где отпал конечный согласный, что иногда случалось при переходе фамилий в иную языковую среду.

Есть и версия, уводящая в идиш. В еврейской среде фамилия могла произойти от слова «шпэр» — поздно, запоздалый. Так могли назвать ребёнка, родившегося в преклонном возрасте родителей, или же это прозвище медлительного человека. В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилия Шпера встречается в документах XIX века среди еврейского населения черты оседлости, особенно на территории современной Украины и Беларуси.

Что касается русского бытования, то фамилия Шпера не имеет исконно славянской модели. Встречается она редко, и её носители в России — это, как правило, потомки переселенцев или людей, чьи предки получили фамилию при записи в метрические книги с чужого голоса. Мужская форма не склоняется по падежам, а женская — Шпера — остаётся неизменной.

Однокоренных русских фамилий у Шперы нет. Ближайшие параллели — Шперлинг, Шперберг, Шперман — все они немецкого или еврейского корня. Это ещё раз подтверждает, что фамилия пришлая и её история лежит не в славянской ономастике, а в диалектах и языках Центральной Европы.