Фамилия Шпидонов — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не внешность, а, скорее всего, иностранное слово, переосмысленное на русской почве. Вопреки возможной догадке, она никак не связана со словом «шпион» — это народная, но ошибочная этимология.

Самая вероятная версия отводит нас к греческому имени Спиридон (Σπυρίδων). В русской традиции оно дало фамилии Спиридонов, Спиридонович и множество просторечных форм: Спиридон, Спирька, Спиря. В южнорусских и украинских говорах, где «и» и «ы» нередко смешивались, а «р» могло выпадать или заменяться, имя Спиридон превратилось в Шпиридон, а затем и в Шпидон. Суффикс -ов указывает на отчество: Шпидонов буквально значит «сын Шпидона», то есть потомок человека, которого в быту называли сокращённой формой от Спиридона.

Менее распространённая, но не лишённая оснований гипотеза связывает фамилию с диалектным словом «шпидон» — так в некоторых областях называли худого, долговязого человека или, напротив, проныру. Однако эта версия слабее: слово «шпидон» в значении «худой» не зафиксировано в авторитетных словарях как распространённое прозвище, а греческое имя даёт чёткую словообразовательную цепочку.

Фамилия Шпидонов — редкая, встречается в основном в южных регионах России, на Кубани и в Ростовской области, где исторически было сильное греческое влияние. В дореволюционных метрических книгах её могли записывать как Шпиридонов или даже Спиридонов — путаница в написании была обычным делом. Таким образом, носитель фамилии Шпидонов, скорее всего, потомок человека по имени Спиридон, чьё имя в устной речи местные жители переделали на свой лад.