Фамилия Шпирная — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычных патронимических суффиксов -ов, -ев или -ин, зато есть окончание -ая, типичное для русских фамилий адъективного типа (то есть образованных от прилагательных). Такие фамилии чаще всего встречались на юге России, в украинских и белорусских землях, а также у духовенства, где могли давать «семинарские» фамилии по церковным праздникам или богословским терминам.

Основа «шпир» — тёмная и многозначная. Первая и самая правдоподобная версия связывает её с немецким или идишским корнем: «шпир» (Spier) в немецких диалектах могло означать «остриё», «колос», а в фамилиях еврейского происхождения — сокращённую форму от Шпиро, Шпирман или топонима Шпир (город Шпайер). Однако фамилия Шпирная — славянская по форме, и если она возникла в русскоязычной среде, то, скорее всего, перед нами женская форма от мужской фамилии Шпирный, которую могли дать человеку по прозвищу. Прозвище Шпирный могло быть ироничным: в южнорусских говорах «шпирить» значит «смотреть исподлобья, таращиться» или «торчать вверх». Отсюда Шпирный — тот, кто всё время высматривает, подсматривает, или же нечто торчащее, заметное.

Вторая версия — топонимическая. В Польше, Чехии и на западе Украины есть сёла и урочища с названиями вроде Шпир, Шпиры, Шпирна. Переселенец оттуда мог получить прозвище Шпирный, то есть «пришлый из Шпир». В этом случае фамилия указывает на географическое происхождение предка.

Нельзя исключать и искусственное происхождение. В семинарской среде, где фамилии нередко придумывали на латыни или греческом, «шпир» могло быть искажением латинского spiritus — «дух», «дыхание». Тогда Шпирная — это женская форма фамилии, данной будущему священнику с намёком на духовное служение. Но эта версия слабее: для семинарских фамилий чаще использовали прямые латинские корни (Спиридонов, Духов).

Поскольку фамилия редкая, её носители в XIX веке могли быть как крестьянами (прозвище), так и мещанами или духовенством (искусственная фамилия). Без генеалогического исследования конкретной семьи определить сословие предков невозможно.