Фамилия Шпунькина — редкая и яркая, её происхождение напрямую связано с прозвищем, а не с крестильным именем. В основе лежит слово «шпунька». В разных русских говорах у него было два основных значения. Первое — уменьшительное от «шпунт»: так называли деревянную пробку, клин, чопик, которым затыкали бочку. Второе, переносное, — прозвище невысокого, плотного, коренастого человека, «коротышка», «пробка». Скорее всего, предок носителя фамилии получил уличное прозвище Шпунька именно за внешность или за манеру держаться.

Суффикс -ин указывает на типичную модель русских фамилий, образованных от основ на -а/-я. Формально это притяжательное прилагательное: «чей?» — Шпунькин, то есть сын, потомок Шпуньки. Такая модель была особенно распространена в северных и центральных областях России, а также в среде крестьянства и мещанства.

Интересно, что фамилия сохранила редкий для литературного языка корень. В отличие от более частых «Шпунтов» или «Шпунтиков», форма «Шпунька» — диалектная, с характерным смягчением и суффиксом субъективной оценки. Это может указывать на конкретный регион, где бытовало такое слово, — например, на псковские или тверские говоры, где «шпунька» фиксируется как «затычка».

Сословная принадлежность предков Шпунькиных, скорее всего, была крестьянской или ремесленной. Прозвище по внешнему виду или по предмету обихода (бочарная пробка) не даёт оснований для аристократических версий. Фамилия не попала в списки дворянских родов и не встречается у знати, что косвенно подтверждает её народное, «уличное» происхождение.

Спорных версий у фамилии нет. Единственный возможный альтернативный вариант — связь с глаголом «шпунькать» (в некоторых говорах — «ворчать», «брюзжать»). Но это значение менее распространено, а прозвища по характеру чаще давались через более употребительные слова. Поэтому версия с «пробкой» и «коренастым человеком» остаётся основной.