Фамилия Шпунгин — редкая и звучная, её происхождение напрямую связано с прозвищем или профессией. Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Шпунгин — это «сын Шпунги» или «человек из рода Шпунги». Основа — прозвище Шпунга.

Что же такое «шпунга»? В русских говорах и профессиональной лексике это слово имеет два основных значения. Первое — техническое: шпунт, то есть продольный гребень на доске, которым её вставляют в паз другой доски (шпунт и паз). Второе значение, более вероятное для прозвища, — это «шпунька» или «шпунтик», то есть небольшой гвоздь, заклёпка, а в переносном смысле — человек маленького роста, юркий, вертлявый, похожий на шуруп или гвоздик. В некоторых областях «шпунгой» называли и затычку, пробку, что тоже могло стать метким прозвищем для плотного, коренастого человека.

Таким образом, предок Шпунгиных мог быть либо плотником, столяром, работавшим со шпунтом и пазом (профессиональное прозвище), либо просто человеком с характерной внешностью или повадками — маленьким, подвижным, «винтовым». Фамилия явно не дворянская, а скорее крестьянская или ремесленная, образовавшаяся в среде, где прозвища давали по делу или по виду. Географически фамилия встречается разрозненно, но чаще — в центральных и северных регионах России, где было развито деревянное строительство и плотницкое дело. В отличие от фамилий на -ов/-ев, суффикс -ин здесь не указывает на имя отца, а прямо закрепляет прозвище, что делает её более древней по типу образования (прозвищные фамилии часто старше патронимических).