Фамилия Шпунькин — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается неочевидная основа. Вопреки ожиданию, корень здесь не связан с плотницким инструментом (шпунтом) или немецким словом «шпунька», означающим затычку или пробку. Скорее всего, в основе лежит прозвище Шпунька, которое, в свою очередь, восходит к диалектному глаголу «шпунькать» — в ряде южнорусских и украинских говоров это слово означает «ворчать», «брюзжать» или «говорить невнятно, бормотать».

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Шпунькин буквально значит «сын Шпуньки» или «человек из рода Шпунькиных». Аналогично строились фамилии от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я: Кузьмин, Ильин, но в отличие от них Шпунькин — не от канонического имени, а от уличного или бытового прозвания.

Интересно, что фамилия встречается крайне неравномерно. По данным современных телефонных справочников и архивов ЗАГС, основные очаги Шпунькиных — это Курская и Белгородская области, а также восток Украины (Сумская, Харьковская области). Это совпадает с ареалом диалектного слова «шпунькать», что служит дополнительным подтверждением версии о прозвище по характеру.

Версия о происхождении от названия профессии (например, мастера по изготовлению шпунтов — пазов в дереве) выглядит менее правдоподобной. Дело в том, что в русском языке профессиональные прозвища редко образовывались с помощью уменьшительного суффикса -к-: Шпунт → Шпунтов, но не Шпунька. А форма Шпунька, скорее, передаёт оттенок иронии или домашности, что типично для характеристики человека, а не инструмента.

Таким образом, предок-носитель фамилии Шпунькин, судя по всему, не работал с деревом, а получил прозвище за манеру речи — ворчливую, негромкую или невнятную. В крестьянской среде, где фамилии часто закреплялись именно за такими яркими бытовыми чертами, это было обычным делом.