Фамилия Шпун — редкий случай, когда прозвище стало фамилией почти без изменений, без типичных русских суффиксов -ов или -ин. В этом её главная особенность: окончание на согласный выдаёт в ней либо позднее заимствование из немецкого языка, либо украинское или белорусское происхождение, где такие «голые» фамилии обычны (ср. Гончар, Коваль, Швец).

Сам корень, скорее всего, восходит к немецкому Spund — «затычка», «втулка» или «шпунт» (плотницкий термин, означающий паз и гребень для соединения досок). В южнорусских и украинских говорах словом «шпун» называли бондаря — мастера, который делал бочки и вставлял в них деревянные пробки. Таким образом, первый носитель фамилии мог быть ремесленником-бондарем, либо плотником, работавшим со шпунтовым соединением. Менее вероятная, но возможная версия — прозвище по характеру: «шпуном» в диалектах иногда называли упрямого, «затычливого» человека, который лезет не в своё дело.

Географически фамилия тяготеет к западным областям бывшей Российской империи: чаще всего Шпуны встречаются на Украине, в Беларуси и в западных регионах России (Смоленская, Брянская области). Это совпадает с зоной активного немецкого влияния через ремесленные цеха и с областью распространения бессуффиксных фамилий.

В дореволюционных документах фамилию могли записывать двояко: Шпун и Шпунь (с мягким знаком на конце, что характерно для малороссийской традиции). Встречается также вариант Шпунт — более близкий к исходному немецкому написанию. Сословная принадлежность предков, скорее всего, мещанская или крестьянская: ремесленники и мастеровые люди, а не дворяне.

В отличие от многих фамилий, где корень затемнён, здесь этимология прозрачна и упирается в конкретное занятие. Если вы носите фамилию Шпун, ваш предок с высокой вероятностью был человеком, работавшим с деревом и бондарным делом, а сама фамилия — одно из тех редких имён, которые не обросли суффиксами и сохранили первоначальный облик прозвища.