Фамилия Шпунина — редкий пример, где основа не связана ни с профессией, ни с именем, а с прозвищем, которое описывало внешность, манеру поведения или даже насмешливую черту. В её основе лежит слово «шпунька» — так в некоторых русских говорах (особенно северных и сибирских) называли невысокого, щуплого, вертлявого человека или же того, кто постоянно суетится, «шпундит» — то есть ворчит или делает что-то мелкое, суетливое. Есть и более грубая версия: «шпунька» иногда означала «прыщ» или «шишку» — тогда прозвище давали человеку с заметным дефектом кожи или просто невысокому, «шишковатому» на вид.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шпунин — сын или потомок Шпуни. Такая модель типична для прозвищ, которые закрепились за родом в XV–XVII веках, когда крестьяне и посадские люди получали фамилии по отцу. Сравните с однокоренными «Шпунов» или «Шпунтиков» — последняя, кстати, известна по литературному персонажу, но в реальности тоже встречается, хоть и реже. Шпунина — женская форма, образованная по тому же правилу: дочь или жена Шпунина.

География фамилии узкая. По данным современных телефонных справочников и архивов ЗАГС, Шпунины чаще всего встречаются в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, а также в Пермском крае. Это совпадает с ареалом севернорусских говоров, где слово «шпунька» было в ходу. В центральных и южных регионах фамилия почти не фиксируется — что косвенно подтверждает её диалектное происхождение.

Версия о связи с немецким «Spule» (катушка, шпулька) или с ремеслом ткача (шпуля — деталь ткацкого станка) маловероятна. Для таких фамилий характерен суффикс -ев (Шпулев, Шпульников), а не -ин. К тому же на Русском Севере ткачество было домашним, а не цеховым, и прозвища от орудий труда давали редко — чаще по самому мастеру: Ткач, Красильников. Так что Шпунина — это, скорее всего, потомки того самого невысокого суетливого человека, чью особенность подметили и закрепили в фамилии.

Сословная принадлежность у Шпуниных, по всей видимости, крестьянская или мещанская. В дворянских родословных книгах фамилия не значится, в купеческих гильдиях тоже не отмечена. Это обычная «мирская» фамилия, которая возникла в среде, где прозвища давали по живому наблюдению, а не по официальному чину или ремеслу.