Фамилия Шпынков образована по простой и распространённой модели: к основе прозвища Шпынок прибавили притяжательный суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Шпынка). Суффикс -ок в основе — типичный уменьшительный, часто встречающийся в прозвищах и неканонических именах Древней Руси (ср. Жданок, Первок). Исходное слово «шпынь» в русских говорах имело несколько значений, но все они сводились к двум основным: «шут, скоморох, балагур» и «коротышка, невысокий человек». В словаре Даля «шпынь» — это «шут, фигляр, балагур, насмешник», а также «задира, навязчивый человек». Таким образом, прозвище Шпынок могли дать либо низкорослому человеку, либо, что вероятнее, весельчаку и острослову — тому, кто любил подшучивать и балагурить на потеху окружающим.

В письменных источниках фамилия фиксируется с XVII века. В Переписной книге города Ельца 1691–1693 годов упоминаются «Сергей Шпынков» и «Андрей Шпынков» — посадские люди, то есть ремесленники и торговцы. Это одна из самых ранних документальных записей. Географически фамилия тяготеет к южнорусским регионам — Орловской, Тамбовской, Воронежской губерниям. Встречается и на Украине, где слово «шпинь» (вариант «шпынь») означало то же самое — шутник или задира.

Есть и менее очевидная версия, которую иногда приводят в любительских генеалогиях: связь с диалектным «шпын» — «шип, колючка, заноза». Тогда прозвище могло указывать на колючий, неуживчивый характер. Но эта гипотеза слабее: в русских говорах слово «шпынь» в значении «шип» почти не встречается, а в значении «шут» — повсеместно. Поэтому основная, самая правдоподобная линия — прозвище от скомороха и балагура.

Редкость фамилии делает её особенно ценной для историков: Шпынковы не были массовым дворянским родом, не попадали в гербовники, а оставались в основном крестьянами и мещанами. Это типичная «прозвищная» фамилия, которая сохранила в себе живое слово русского языка XVII века — слово, которое сегодня почти забыто.