Фамилия Шпиньков — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с профессией или внешностью, а с бытовой, даже хозяйственной мелочью. Корень здесь — «шпинь», вариант слова «шпень» или «шпенёк». В русских говорах так называли небольшой стержень, гвоздик без шляпки, колышек, затычку. В переносном смысле «шпиньком» могли прозвать человека низкорослого, щуплого, либо того, кто постоянно «торчит» на виду, как заноза, — надоедливого и приставучего.

Модель образования проста: суффикс -ов указывает на принадлежность. Шпиньков — буквально «сын Шпинька» или «человек из рода Шпинька». То есть исходным было уличное прозвище Шпинь, Шпинька или Шпинёк. Такие прозвища нередко давали в крестьянской среде, где меткое слово заменяло официальное имя. В документах XVI–XVII веков встречаются похожие фамилии — Шпинев, Шпинёв, — но Шпиньков стоит особняком благодаря мягкому «нь», которое указывает на южнорусское или украинское влияние: в этих говорах «шпинь» звучало естественнее, чем твёрдое «шпен».

Ономасты, в частности Б. Унбегаун, относят подобные фамилии к разряду «прозвищных», образованных от названий предметов быта. Вариант с корнем «шпинь» встречается в современных российских фамилиях крайне редко — это не массовая модель, а локальная, скорее всего, курская или орловская. В переписях XIX века фамилия Шпиньков фиксировалась преимущественно в южных уездах Курской губернии, что подтверждает диалектную природу основы.

Другие версии — например, связь с украинским «шпинь» (застёжка, пряжка) или польским «szpinka» (булавка) — возможны, но менее убедительны, так как фамилия явно русская по суффиксу и бытовала в зоне, где украинское влияние было фоновым, а не определяющим. Так что, скорее всего, предок носителя этой фамилии был либо невысоким, подвижным человеком, либо мастером, делавшим мелкие деревянные или железные детали — шпеньки, гвозди, затычки. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не известно, и в этом её ценность: она сохранила память о простом прозвище, которое дали за характер или внешность, а не за чин.