Фамилия Шкиньков не самая распространённая, но её происхождение прослеживается достаточно чётко благодаря характерному суффиксу и основе. В отличие от фамилий на -ов, образованных от имён или прозвищ на твёрдый согласный, здесь мы видим суффикс -ов, присоединённый к основе, оканчивающейся на -ь. Такая модель встречается реже и обычно указывает на то, что исходное прозвище или имя имело мягкий конечный звук — в данном случае «Шкиньк(о)».

Корень «шкинь-» явно восходит к глаголу «шкинуть» или «скинуть» в диалектном произношении. В русских говорах слово «шкинуть» могло означать «бросить», «сбросить», «свалить» или даже «схитрить». Соответственно, прозвище Шкинька (а именно такую форму предполагает фамилия: Шкиньк-а → Шкиньк-ов) давали человеку либо за резкость, способность «сбросить» груз или противника, либо за плутоватость — умение «скинуть» вину на другого.

Вероятнее всего, первый носитель фамилии — не просто человек по имени Шкинька, а тот, кого так прозвали за характер или профессию. Например, в среде бурлаков или грузчиков «шкинуть» означало сбросить кладь; могло быть и более конкретное ремесленное значение — «снимать шкуру» (от «шкура»), но это уже менее вероятно, поскольку слово «шкинуть» не фиксируется в этом значении в основных диалектных словарях. Более правдоподобна версия с прозвищем, данным человеку невысокого роста или юркому — «шкин» в некоторых говорах означало «маленький», «мелкий».

Суффикс -к- в основе (Шкиньк-а) — типичный для русских прозвищ уменьшительно-пренебрежительный, как в фамилиях Козьков (от Козька), Васьков (от Васька). Это указывает на то, что фамилия Шкиньков закрепилась в крестьянской или посадской среде, где прозвища на -ка были обычным делом. Географически фамилия встречается в центральных и южных областях России, особенно в Рязанской и Тамбовской губерниях, где диалектная форма «шкинуть» была в ходу.

Таким образом, Шкиньков — это «сын Шкиньки», чей предок получил прозвище за проворство, хитрость или физическую сноровку. Фамилия недворянская, не от календарного имени, а чисто бытовая, из народной речи, что делает её прямым свидетельством живого языка русских крестьян.