Фамилия Шрагин — один из тех случаев, когда за привычным русским суффиксом -ин скрывается нерусская, скорее всего, еврейская основа. Модель образования проста: к основе «Шраг-» добавили патронимический суффикс -ин, который в русском языке указывает на принадлежность («чей?» — сын Шраги). Но сама основа — не славянская.

Самая вероятная версия возводит фамилию к мужскому личному имени Шрага (идиш שרגא, Shraga). Это имя арамейского происхождения, означает «свет» или «свеча». В еврейской традиции оно часто давалось в честь субботних свечей или как символ духовного света. Соответственно, Шрагин — «сын Шраги», «потомок Шраги». Такие фамилии на -ин (Шрагин, Шрагов) характерны для еврейского населения, жившего на территории Российской империи, особенно в черте оседлости, где идиш и иврит смешивались с русской словообразовательной моделью.

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с топонимом. В Польше и Беларуси есть несколько небольших мест с названием типа Шраги, Шрагово. Переселенец из такого места мог получить прозвище Шрага, которое затем закрепилось как фамилия. Однако географическая привязка здесь слабая: такие названия редки, и их этимология часто восходит к тому же имени Шрага.

В любом случае, суффикс -ин указывает на то, что фамилия сформировалась в русскоязычной среде, а не была принесена из Западной Европы. В дореволюционных документах можно встретить варианты написания «Шрагинъ», а также параллельные формы «Шрагов» (с суффиксом -ов, более типичным для фамилий от основ на согласный). Фамилия не относится к числу широко распространённых, её носители встречаются в основном в центральных регионах России, на Украине и в Беларуси — что совпадает с ареалом еврейского расселения в XIX веке.