Фамилия Штаэр — редкий для России случай, когда корень уходит не в славянские, а в германские языки, но при этом фамилия оформлена по русской модели. Основа — немецкое слово «Staar» (скворец) или его диалектные варианты. В южнонемецких говорах «Stahr» означало ту же птицу. Прозвище могли дать человеку с живым, «щебечущим» характером, либо тому, кто напоминал скворца внешне — например, был невысоким и подвижным. Вторая версия, менее вероятная, выводит фамилию от «Stauer» (рулевой, штурман) — но тогда в русском варианте скорее закрепилось бы «Штауэр», а не «Штаэр».

Сама фамилия — пример того, как немецкое прозвище пришло в русскую среду через переселенцев. Немцы-колонисты массово селились в Поволжье, Новороссии и на Волыни с XVIII века. Если предки Штаэров были из этих групп, фамилия могла закрепиться без окончания, типичного для русских фамилий (как «Шмидт» или «Миллер»). Но в русском языке её часто русифицировали, добавляя окончание -ов: Штаэров. Встречается и вариант Штаер — с одной буквой «а» в корне, что связано с упрощением произношения.

Форма «Штаэр» без суффикса — признак того, что фамилия могла попасть в русские документы уже в готовом виде, как «нерусская», и не менялась под влиянием модели «чьих будете?» (которая дала бы -ов или -ин). Такие фамилии чаще встречались у обрусевших немцев, которые сохраняли исконное написание. В современных базах данных Штаэр — единичная фамилия, сосредоточенная в основном в крупных городах, куда потомки переселенцев переезжали в XX веке.

Однокоренные немецкие фамилии — Stahr, Stahre, Staar. В России к ним добавились Штаер, Штаэров, а также Штаерман (от «Staermann» — скворечник, или от «Steuermann» — рулевой). Разобрать, какая из версий верна для конкретной семьи, можно только по архивным записям: метрикам лютеранских церквей или спискам колонистов. Если предки жили в немецких поселениях Поволжья, корень «скворец» почти наверняка верен — птичьи прозвища были там распространены. Если фамилия встречается в Прибалтике, возможна связь с эстонским или латышским произношением того же немецкого корня.