Фамилия Штанухин — одна из тех, где корень на первый взгляд кажется простым и бытовым, но при ближайшем рассмотрении открывает несколько разных путей происхождения. Основа здесь — «штан-», и самый очевидный, но не единственный вариант связан со словом «штаны». В старину прозвище Штан или Штаны могли дать портному, человеку, который носил необычные штаны, либо тому, кто в них нуждался — например, бедняку. Однако фамилия образована не по стандартной модели «Штанов» (с суффиксом -ов), а через суффикс -ухин. Это редкий и показательный момент.

Суффикс -ух(а) в русских прозвищах часто имел сниженный, ироничный или даже уничижительный оттенок: Ванюха, Петруха, Штануха. Соответственно, Штанухой могли прозвать человека с явной, бросающейся в глаза особенностью, связанной с одеждой — например, того, кто ходил в рваных или смешных штанах. Затем от этого прозвища через притяжательный суффикс -ин образовалась фамилия: «чей сын?» — Штанухин. Такая модель типична для северных и центральных русских говоров, где фамилии на -их/-ых и -ин особенно распространены.

Но есть и альтернативная, более редкая версия. В некоторых диалектах «штан» означало не штаны, а часть сохи или другого сельскохозяйственного орудия. В этом случае Штанухой могли назвать мастера, который делал такие детали, или крестьянина, работавшего с такой сохой. Эта гипотеза менее популярна, но имеет право на существование, особенно если учесть, что фамилия не массовая и встречается в основном в Поволжье и на Урале — регионах с сильными промысловыми и ремесленными традициями.

Сословная принадлежность Штанухиных, скорее всего, крестьянская или мещанская. Фамилия не дворянская, не книжная и не семинарская — её бытовая, «уличная» природа выдает происхождение из простонародья. В документах она могла записываться по-разному: Штанухин, Штанухинъ, изредка с одной «н» — Штанухин (хотя двойная «н» в корне не требуется, в XIX веке её часто ставили по ошибке). Если сравнивать с однокоренными, то Штанов — более распространённый и нейтральный вариант, а Штанухин сохранил оттенок прозвища, которое давали с усмешкой.