Фамилия Штанухина — женская форма фамилии Штанухин. Её основа — прозвище или неканоническое имя Штануха, которое, скорее всего, связано со словом «штаны». В русских говорах «штанухой» могли называть человека, носившего необычные, широкие или, наоборот, узкие штаны, либо того, кто их шил. Это типичный пример «профессиональной» или «предметной» фамилии, где внешняя деталь или ремесло становились семейным именем.

Словообразовательная модель проста: основа Штанух- плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Штанухи). Суффикс -ух- в основе — характерный для русских прозвищ экспрессивный элемент, который придавал слову оттенок фамильярности или грубоватости (сравните: Ванюха, Петруха, Грязнуха). Такие формы были распространены в крестьянской и посадской среде, где прозвища давали по яркой, часто бытовой примете.

Фамилия редкая, географически привязана в основном к центральным и северным регионам России. Встречается в документах XVII–XVIII веков, например, в переписных книгах Вятки и Пермской губернии, где «штанухами» могли называть портных, занимавшихся пошивом именно штанов, а не верхней одежды. В отличие от фамилий Штанов или Штанников, вариант Штанухин — более «разговорный», с той самой уменьшительно-уничижительной окраской, которая со временем утратила негативный смысл и закрепилась как фамилия.

Однокоренные фамилии — Штанов, Штанников, Штанин — все восходят к тому же корню, но Штанухин стоит особняком из-за суффикса -ух-. Этот суффикс указывает на то, что прозвище было дано не по названию предмета (штаны), а по живому, бытовому обращению к человеку: «Эй, Штануха!» — так могли окликнуть мастера или просто человека, который чем-то запомнился окружающим в этой детали одежды.