Фамилия Штеникова — женская форма фамилии Штеников, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, которое легло в основу. Сама фамилия образована по типичной русской модели с патронимическим суффиксом -ов, а значит, предок носителя этой фамилии был человеком по прозвищу Штень или Штеня.

Корень «штен-» для русского уха звучит необычно и нерусское. Скорее всего, он восходит к немецкому или голландскому слову «Stein» — камень. В немецком языке фамилия Штейн (Stein) одна из самых распространённых, и её производные с уменьшительными суффиксами типа -ик, -ок давали фамилии вроде Штеник. В русской среде такое прозвище могли дать человеку твёрдого, «каменного» характера, либо выходцу из Германии, чья фамилия была переделана на русский лад. Например, немецкий колонист или ремесленник, поселившийся в Поволжье или Петербурге, мог получить в обиходе прозвище Штеня, от которого и пошла фамилия.

Возможна и другая версия, хотя и менее вероятная: связь с диалектным глаголом «штенить» — в некоторых южнорусских говорах так говорили о том, кто делает что-то медленно, копается. Тогда Штеня — прозвище медлительного человека. Однако куда правдоподобнее выглядит «немецкий след», учитывая, что фамилия Штеников встречается в основном в регионах, куда в XVIII–XIX веках активно приглашали немецких колонистов, например, в Саратовской и Самарской губерниях.

Фамилия редкая, и её носители, скорее всего, происходят из среды крестьян или мещан — дворянские роды с таким окончанием обычно фиксировались в родословных книгах, а Штениковы там не значатся. В любом случае, фамилия Штеникова — яркий пример того, как нерусский корень органично вписался в русскую словообразовательную модель, и теперь её обладательницы носят отголосок либо немецкого «камня», либо неспешного нрава своего предка.