Фамилия Штербаченко — яркий пример того, как в русском языке прижилась и адаптировалась фамилия с явно западнославянскими корнями. Её основа — не русское и не украинское слово, а чешское или польское. В чешском языке «штерба» (šterba) — это «щербина», «зазубрина», «выемка», а в переносном смысле так могли прозвать человека с изъяном: например, беззубого, рябого или того, у кого была заметная щербинка на лице. В польских говорах то же слово встречается в значении «неровный край», «обломок». Таким образом, прозвище Штерба давали человеку с какой-то внешней приметой, связанной с неровностью, сколом или шрамом.

Суффикс «-енко» — типичный украинский патронимический формант, означающий «маленький», «сын» или «потомок». Сочетание западнославянской основы с украинским суффиксом — редкое и показательное явление. Оно говорит о том, что носитель прозвища Штерба (или его отец) мог переселиться на территорию современной Украины из Чехии, Моравии или Польши. Там, в среде украинского или смешанного населения, к его прозвищу добавили местный фамильный суффикс. Так возникла фамилия Штербаченко — буквально «сын Штербы», то есть потомок человека со щербиной.

В отличие от распространённых фамилий на «-енко» от крестильных имён (Иващенко, Петренко), эта фамилия держится на прозвищной основе, причём иноязычной. Она почти не встречается в центральных и восточных областях России, сосредоточена в основном в западных регионах Украины и в соседних областях России (Брянская, Курская), куда в разное время переселялись выходцы из Речи Посполитой. Дворянской фамилией Штербаченко не была — это типичная крестьянская или казацкая фамилия, возникшая в среде простых людей, где прозвища давали по внешнему виду, а не по сословной принадлежности.

Поскольку основа слова не славянская в привычном для восточных славян виде, а заимствованная, у фамилии нет «гнезда» однокоренных русских фамилий. Её ближайшие аналоги — Штерба, Штербов, Штербицкий — встречаются в Чехии и Польше. На русской почве она сохранила редкую комбинацию звуков «штер-», что сразу выделяет её среди десятков тысяч фамилий на «-енко».